Dabartinio Zyplių dvaro istorija prasideda nuo Senųjų Zyplių – dvarelio, nuo 1806 m. priklausiusio kunigaikščiui Juozapui Poniatovskiui, atitekusio už nuopelnus kare Napoleono armijos sudėtyje.
Kai 1813 m. Juozapas Poniatovskis žuvo, dvaras atiteko jo seseriai Marijai Teresei Tiškevičienei, kuri gyveno Paryžiuje ir Zypliuose nesilankė.
Marija Teresė Tiškevičienė netrukus Zyplius pardavė Polocko gubernijos dvarininkui Jonui Bartkovskiu. Pastarasis šalia Lukšių, Palankių kaime, įkūrė dvarą ir pavadino Naujaisiais Zypliais. Čia 1845-1855 m. buvo pastatyti vienaukščiai, kuklūs, mūriniai, klasicistinio stiliaus dvaro rūmai, kurie dar ir šiandien stovi įkomponuoti centrinėje pastato dalyje, dvi simetriškai rūmų atžvilgiu išsidėsčiusios oficinos, virtuvė, mediniai ūkiniai pastatai. 1855 m. Jonas Bartkovskis netikėtai mirė, palaidotas Lukšių kapinėse. Antkapio užrašo lietuvių ir lenkų kalbomis autorius – kunigas, švietėjas Antanas Tatarė, dvarininką Joną Bartkovskį prisiminė kaip dekomratišką ir dosnų žmogų, parėmusį mokyklos ir bažnyčios statybas Lukšiuose.
Po netikėtos Jono Bartkovskio mirties Zyplių dvarą nuo 1855 m. valdė jo podukra Joana Wolfers-Kučinskienė. Vėliau Zyplių dvaras atiteko jos dukrai Liudvikai Ostrovskajai. Ši Zyplius pardavė grafui Tomui Potockiui, kurio pastangomis XIX – XX a. sandūroje rūmai buvo perstatyti ir tapo puošnesni, įgavo originalių neobaroko formų. Grafas Tomas Potockis buvo išsilavinęs ir pažangus dvarininkas – studijavęs politinę ekonomiją Tartu universitete, vėliau žinias žemės ūkio klausimais gilino Halės universitete.
Nuo 1900 metų buvo vienas iš Suvalkų žemės draugijos organizatorių ir vadovų, leido ūkininkavimo patarimų brošiūras lenkų ir lietuvių kalbomis, pirmasis buvusios Lietuvos-Lenkijos valstybės žemėse prie Varšuvos įkūrė daržovių konservų fabriką, gyvavusį iki karo. Bendravo su dailininkais, pats mėgo tapyti, laisvalaikiu rašė dramos kūrinius. Pagal jo scenarijų Varšuvoje net buvo statomas spektaklis, kurio premjeros grafas neišvydo, mat netikėtai mirė. Po Tomo Potockio mirties dvarą iki Pirmojo pasaulinio karo valdė jo žmona Pelagija Bžožovska-Potocka.
Grafo Tomo Potockio dėka 1904 m. iš Pelenių kaimo kilęs Vincas Grybas pasirinko menininko kelią. Pastebėjęs vaiko sugebėjimą drožinėti ir lipdyti, T. Potockis būsimąjį skulptorių išsiuntė į Varšuvą pas savo gimines. Varšuvoje V. Grybas mokėsi gimnazijoje, įstojo į dailės mokyklą.
Po Pirmojo pasaulinio karo Zyplių dvare šeimininkavo įvairios organizacijos. Į Zyplius iš Seinų 1919 m. perkelta kunigų seminarija čia veikė iki 1922 m., atkeltos kunigų seminarijos rektorius buvo Vincentas Vizgirda, čia taip pat mokėsi ir būsimasis vyskupas Vincentas Brizgys.
Nuo 1924 m. iki 1944 m. Zyplių dvare buvo įsikūrusi žemesnioji žemės ūkio mokykla, kurios direktoriumi ir Zyplių dvaro administratoriumi visus tuos metus dirbo Justinas Saliamonas Banaitis, Nepriklausomybės akto signataro Saliamono Banaičio sūnus.
1944 m., pasitraukus vokiečiams, Zyplių dvaro rūmuose buvo įkurta karo ligoninė, nuo 1945 m. pradėjo veikti apskrities ligoninė. Vėliau čia buvo mašinų-traktorių stotis, veikė „Lenino“ kolūkio valdyba, apylinkės vykdomasis komitetas.
Kolūkio administracijai išsikėlus į naujai pastatytus pastatus Lukšiuose, dvaro rūmai liko beveik nenaudojami ir jų būklė nuolat blogėjo: prakiuro stogas, vietomis apgriuvo sienos, iro balkonai, išbyrėjo langai, buvo išplėšyta vidaus įranga.
1981-aisiais į Lukšius atsikėlė skulptorius Vidas Cikana ir jau tada pradėjo rūpintis kolūkiui priklausiusiais dvaro pastatais. 1990 m. Lietuvai atkūrus Nepriklausomybę, atkurta ir savivalda, o miestelio viršaičiu išrinktas Vidas Cikana, kurio rūpesčiu 1993 m. kovo 1 d. visi Zyplių dvaro pastatai buvo perduoti iš tuometinės Lukšių žemės ūkio bendrovės Lukšių seniūnijos žinion. Lukšių miestelio viršaičio, tautodailininko Vido Cikanos rūpesčiu dvaras pamažu pradėjo atgimti. Nuo 2002 m. pradėti dvaro bei parko atstatymo darbai. 2003 m. kovo 26 d. Zyplių dvaro arklidėse surengta Šakių rajono tautodailininkų paroda, į kurią suvažiavo svečiai is visos Lietuvos. Pirmą kartą šioje vietoje surengtoje parodoje buvo eksponuojami 1090 tautodailininkų darbų. Nuo galerijos Zyplių dvare atidarymo savo kultūrinę veiklą pradėjo Lukšių kultūros centras.
Netrukus Lukšių seniūno Vido Cikanos iniciatyva imta kalbėti ir apie kitų pastatų restauravimą ir pritaikymą visuomenės poreikiams. Dar 2004 m. buvo pradėtas rengti Zyplių dvaro rekonstrukcijos projektas, tačiau jo įgyvendinimui skirti finansavimą buvo vis atidėliojama. Po ilgų metų diskusijų ir derybų 2009 m. buvo paruoštas investicijų projektas, o 2010 m. jau pasirašyta projekto „Zyplių dvaro sodybos pritaikymas kultūriniam turizmui“ finansavimo ir administravimo sutartis. Per šį projektą restauruoti Zyplių dvaro rūmai, iš išorės sutvarkytos abi oficinos, buvęs virtuvės pastatas, pakeistas arklidžių stogas. 2012 m. rugsėjo 22-23 dienomis lankytojams duris iškilmingai atvėrė restauruotas rūmų pastatas. Ta proga surengta konferencija, įvairaus žanro koncertai, tautodailininkų mugė, parodos.
Parodų erdvės įrengtos rūmuose, buvusiose dvaro arklidėse, kairiojoje oficinoje ir svirno galerijoje. Čia nuolat eksponuojama daug meno dirbinių: paveikslų, rankdarbių, medžio, akmens skulptūrų, keramikos, kalvystės, stiklo dirbinių, įspūdingi sodai, kaukės. Taip pat organizuojamos laikinos tautodailininkų ir profesionalų autorinės parodos. Viename iš dvaro ūkio pastatų įkurta kalvė, kitame – keramikos dirbtuvės.
Zyplių dvare kasmet vyksta Pažaislio muzikos festivalio koncertai, muzikos festivalio „Beatričės vasaros“ koncertai, tradicinė kapelų šventė „Vasarą palydint“, profesionalių atlikėjų koncertai; tradicinis tautodailininkų pleneras „Zyplių žiogai“, įvairūs tapytojų, akvarelistų, kalvių, keramikų plenerai, keramikų šventė-mugė „Pirksiu molio puodynėlę“; kino festivalio „Sidabrinės gervės naktys“ naktinio filmo peržiūros; teatro šventės, folkloro ansamblių festivaliai; filmų kūrėjų, tradicinių šokių, katalikško jaunimo, įvairios vaikų ir jaunimo stovyklos.

Zyplių dvaro ansamblis apsuptas vieno didžiausių parkų Lietuvoje – jis užima 21 ha teritoriją. Iš pradžių, XIX a. viduryje, čia augo tik vietiniai medžiai. Vėliau grafas Potockis iškasė du tvenkinius, pasodino egzotinių medžių ir krūmų, įrengė oranžeriją, pavėsinių, voljerų fazanams. Parteryje priešais rūmus buvo fontanas, per kanalus nutiesti tiltai. Šiuo metu parke auga nemažai vertingų rūšių medžių: platanalapiai ir sidabriniai klevai, paprastieji ir raudonieji ąžuolai, baltosios ir balzaminės tuopos, europiniai ir Sukačiovo maumedžiai, juodosios pušys, sidabriniai kėniai, karpotieji ir plaukuotieji beržai, kalninės guobos, kamštiniai skirpstai. Vakarinėje dalyje pasodinta apie 200 m ilgio balzaminių tuopų alėja. Dvaro teritoriją riboja liepų, uosių, skroblų, ąžuolų alėjos. Parke augęs Zyplių ąžuolas buvo paskelbtas gamtos paminklu. 2008 m. nugriuvo sulaukęs apie 420 metų (kamieno apimtis – 630 cm, medžio aukštis – 34 m) ir paliktas gulėti savo mirties vietoje.